Knutselen met bacteriën

Twaalf RUG-studenten vertrekken donderdag naar Boston om hun eigen ontworpen bacterie te presenteren voor de iGEM-competitie 2017. Ze bouwden het DNA van een virus in bij een melkzuurbacterie.
Door Freek Schueler

Wanneer melk verwerkt wordt tot yoghurt of karnemelk, fermenteert het onder invloed van melkzuurbacteriën. Maar deze zijn gevoelig voor virussen. Wordt de bacterie ziek, dan mislukt het proces en moet de melk worden weggegooid. Het Groningse iGEM-team 2017 wil een detectiemechanisme maken om de infecties op te sporen.

Daarvoor wilden de studenten een CRISPR-onderdeel inbouwen in een melkzuurbacterie. Dat is een stukje van het afweersysteem van sommige bacteriën, dat lijkt op ons eigen afweersysteem. Wanneer een bacterie wordt geïnfecteerd met een virus, kan hij dat herkennen.

De bedoeling is de bacterie zo te bouwen dat hij alleen specifieke, gevaarlijke virussen opmerkt. Niet alleen kunnen de detectorcellen zich dan beter verdedigen tegen het virus. Ze geven ook een signaal dat de fabrikant waarschuwt voor het gevaar.

Donderdag vertrekken de twaalf studenten naar Boston om hun project te presenteren op de International Genetically Engineered Machine (iGEM) Competition 2017. Hier presenteren honderden studenten van over de hele wereld ‘zelfgemaakte’ micro-organismes met een maatschappelijk relevante toepassing. Studente moleculaire wetenschappen Meintje de Vries is een van hen.

Twaalf studenten, meerdere nationaliteiten, verschillende wetenschappelijke achtergronden…
‘We ondervonden inderdaad wel wat moeilijkheden. Van te voren wisten we dat communicatie key is, maar je krijgt toch dat mensen zich aan elkaar gaan ergeren. De voorzitter probeert een verzoenende rol aan te nemen, maar dat is lastig gebleken.’

‘Het was nu zo dat er een harde kern ontstond en dat sommigen werden benaderd op het moment dat ze nodig waren. Tot knallende ruzies is het gelukkig niet gekomen. Als tip voor volgende jaren zou ik mee willen geven om ver van te voren een duidelijk beschikbaarheidsrooster te maken met elkaar.’

De benodigde 30.000 euro is grotendeels bijeengebracht met hulp van de universiteit en sponsoring. Maar voor de laatste 3000 euro deden jullie een crowdfunding, die niet bepaald zijn vruchten heeft afgeworpen. Gaan jullie nog wel naar Boston?
‘Jazeker! Onze crowdfunding heeft helaas niet zoveel opgeleverd, misschien hebben we daar ook iets te weinig aandacht aan besteed. Gelukkig hebben we van bedrijven en andere acties wel genoeg geld gekregen, bovendien vielen onze kosten mee. Qua financiën zit het dus wel goed.’

Hoe schat je jullie kansen in?
‘Ik denk persoonlijk dat we op het researchgedeelte tekort schieten, maar op andere fronten doen we het juist erg goed. We hebben gefocust op communicatie en educatie, ook naar bijvoorbeeld scholieren toe. Zo heb ik gastlessen gegeven op basisscholen en ze de nodige voorkennis bijgebracht. Vervolgens kwamen ze met die kennis naar ons lab op Zernike toe.’

Wat schoot er op het lab precies tekort?
‘We hebben niet alle stappen werkend gekregen. Zo hebben we de stukjes DNA waarmee we gewerkt hebben, laten testen bij een speciaal bedrijf, om te kijken of het ook daadwerkelijk het DNA was wat wij dachten. Er bleken toch verschillen te zijn tussen wat wij dachten dat we in handen hadden en wat het daadwerkelijk was. Daardoor ging er veel tijd verloren.’

08 November 2017